El juego tiene lugar en 1968, y gira en torno a Lincoln Clay, huérfano y veterano de Vietnam. Como huérfano, constantemente busca una familia, hasta que se une a las fuerzas armadas y combate en la guerra de Vietnam. Regresa a New Bordeaux después de la guerra para unirse a la mafia negra. Después de sobrevivir a un intento de asesinato por parte de la mafia italiana, Clay intenta fundar su propia organización criminal y obtener venganza. Para ello contará con la ayuda de tres aliados: Cassandra, Burke y Vito Scaletta (protagonista de Mafia II).